В 1918 году монастырь был закрыт, однако Богоявленский собор стал приходским храмом и действовал до 1924 года. С 1925 года в здании закрытого собора размещалось губернское архивное бюро, ставшее затем областным архивом. В 1920—1930 годах были почти полностью уничтожены монастырские стены и большинство башен, разрушены Никольский («Салтыковский») храм и Никольская часовня. В 1982 году в Богоявленском соборе, используемом как хранилище областного архива произошел пожар, уничтоживший остатки фресок собора XVII века