Название монастыря связано с находящимися в нём пещерами (по-древнерусски — печорами), называемыми «Богом зданными» (то есть созданными Богом). В 1473 году здесь была освящена пещерная церковь Успения, выкопанная преподобным Ионой в холме из песчаника. Этот год считается годом основания монастыря. Холм, в котором находятся Успенская церковь и Богом зданные пещеры, называется Святой горой. Монастырь ни разу за всю свою историю не закрывался. В межвоенный период (с февраля 1920 до января 1945 года) находился в пределах Эстонии, благодаря чему не был затронут антицерковными и антирелигиозными мероприятиями Советской власти. В 1967—2006 годах в монастыре подвизался архимандрит Иоанн (Крестьянкин).