В музее действуют выставки "Древний город Свияжск" и "Страницы истории Свияжска". На них представлены уникальный макет с реконструкцией планировки и застройки Свияжска середины XVI в., археологические находки, копии архивных документов и редких фотоматериалов, повествующие о различных этапах в развитии города с момента его основания до середина ХХ в.
На выставке "Очарованные островом" в работах И. Артамонова, Р. Сафиуллина, Е. Голубцов и др. художников можно увидеть многогранную трактовку художественными средствами образа древнего города.